действие STALKER-a 2 снова переносит игроков в Темные Земли жены – обширную территорию вокруг Чернобыльской атомной электростанции, отказ которой в 1986 году привел к одной из крупнейших экологических катастроф в истории. Однако разработчик решил немного исказить истинный облик грозной и очаровательной зоны, обогатив ее территорию воинствующими группировками, смертоносными мутантами и смертельно опасными аномалиями. Корни этих изменений можно проследить в громком романе Аркадия и Бориса Стругацких "Пикник на краю дороги", а также в его неофициальной экранизации – фильме Андрея Тарковского "Сталкер".
в игре вы играете за героя по имени Скиф. После того, как в 2006 году в Чернобыльском реакторе произошел еще один взрыв, в центре Зоны появился мощный источник энергии. Главный герой пересекает границу зоны как одинокий сталкер, чтобы разгадать тайну таинственной силы. Как эта экспедиция повлияет на него, зависит от наших действий. Рассказанная здесь история имеет нелинейную конструкцию, и выбор, который мы делаем во время игры, влияет на ее ход и окончание.